Người tu khi với sự lý của mọi vấn đề không thể hiểu minh bạch, rồi từ đó dẫn sanh tất cả điều mê hoặc, khiến cho tâm niệm chẳng yên, đó là lúc nghiệp si nổi lên. Chẳng hạn như trong khi đang tu, thoạt nhớ có kẻ nói phải niệm chừng nào nhứt tâm bất loạn mới được vãng sanh, nay xét mình khó nỗi đến trình độ ấy, công hành đạo e luống uổng, rồi sanh ý phân vân, đó là hiện tướng của nghiệp si. Si mê là nguồn gốc của tất cả phiền não. Tham, Sân do Si mà Mạn, Nghi, Ác Kiến cũng đều do Si. Như khi khởi niệm: sự hành đạo siêng nhọc của ta, chưa chắc người xuất gia đã bằng; đó là Ngã Mạn phiền não.

Lúc niệm Phật, bỗng sanh ý nghĩ: cõi Cực Lạc trang nghiêm dường ấy, mình nghiệp dày phước mỏng, biết có được vãng sanh hay chăng? Đó là Nghi phiền não. Ác kiến là sự thấy hiểu cố chấp xấu ác, gồm năm điều Thân kiến, Biên kiến, Tà kiến, Kiến Thủ kiến, và Giới Thủ kiến. Như đang tu hành, chợt nghĩ: thể chất mình vẫn yếu, hôm nay lại nghe mỏi nhọc, nếu niệm Phật thêm lâu nữa sợ e phải đau; đó là Thân kiến. Hoặc nghĩ: chết rồi như đèn tắt, nếu có đời trước sao mình không nhớ? Tốt hơn là nên tu tiên để được sống lâu không chết. Đây là đoạn kiến và thường kiến trong Biên kiến. Hoặc suy tưởng tại sao có người làm lành lại mạng yểu, chết một cách dữ dằn; kẻ làm nhiều điều ác lại sống lâu, chết rất tốt đẹp yên ổn? Vậy thì tu hành đâu có ích lợi chi! Đây là lối chấp Tà kiến, không thấu suốt lý nhân quả ba đời. Có kẻ lại nghĩ: trước kia mình tu theo cách luyện điển của giáo phái khác, mới ít tháng liền có sự biến đổi; nay sao niệm Phật đã lâu mà không thấy chuyển động gì? Đây là Kiến Thủ kiến, tức là chấp lấy sự nhận thức sai lầm của mình. Hoặc lại suy nghĩ; bên đạo khác họ sát sanh vẫn cầu được về Thiên Đường; mình cũng cầu sanh Cực Lạc, vậy cần chi phải giữ giới sát? Đây là Giới Thủ kiến, tức sự chấp hiểu lầm lạc về giới pháp.