Đem ba ấn tổng hợp lại tức là thuyết duyên khởi. Duyên khởi (còn gọi là nhân duyên) tức là nương nơi duyên mà khởi; nương duyên là chỉ sự chứa nhóm điều kiện. Khởi, là ý chỉ cho năng lực phát sinh. Do đây, duyên khởi tức là chứa đựng các món điều kiện mà sản sinh ra nguyên lý của hiện tượng. Hiện tượng là vô thường, thường hay sinh diệt biến hóa, nhưng sự biến hóa của nó là sự biến hóa nhất định ở một điều kiện nhất định, pháp biến hóa này thì cũng tức là duyên khởi.
Trung tâm của Phật pháp tức là duyên khởi cũng gọi là nhân duyên, cũng là chỗ không đồng về triết học giữa Phật pháp và các tôn giáo khác, đó là cái đặc sắc riêng có của Phật pháp.
Có thể đem duyên khởi (nhân duyên) nói một cách rất cụ thể đó là thuyết mười hai duyên khởi; thế nào gọi là mười hai duyên khởi, tức là: vô minh - hành thức - danh sắc lục nhập - xúc thọ ái thủ hữu sanh - lão tử, mười hai chi phần. Mỗi chi phần đều có sự quan hệ hỗ tương ràng buộc thành vòng, tức là nói vô minh duyên với hành... sanh duyên với lão tử, đây cũng tức là “lưu chuyển duyên khởi”, đau khổ tạo thành phiền não mà sản sinh ra. Lại nói do vô minh diệt, thì hành diệt... cho đến sanh diệt thì lão tử diệt, đây cũng tức là “hoàn diệt duyên khởi”, diệt hết phiền não thì là cảnh giải thoát.
Mười hai duyên khởi (nhân duyên) là giáo lý của người học Phật rất phải nên xem trọng, chín chắn mà xem xét mười hai duyên khởi, mới có thể ngộ được sự lưu chuyển ba đời của sinh vật, chỉ là sự nhào lộn ở trong một cái lưới nghiệp lực.
Nay đem mười hai duyên khởi phân chia đơn giản ranh giới như sau:
2.1. Vô minh: tức là không hay biết. Chỉ trong tâm con người không rõ phiền não, mờ mịt nơi cảnh không, không chỗ rõ hiểu, mê chấp chấp tướng, bởi vì một niệm ban đầu của tâm tánh gọi là “sanh tướng vô minh”; vô minh làm nguồn gốc của phiền não thô và tế mê hoặc vọng tâm, là nguồn gốc của “phần đoạn sinh tử” và “biến dịch sinh tử”; đồng thời cũng là căn bản của Niết bàn giải thoát và Bồ đề tịch tịnh.
2.2. Hành: tức là ba hành: thân – ngữ – ý, cũng gọi là ba nghiệp. Nhân vì có vô minh mê hoặc vọng tâm, vô ngã vọng chấp có ngã, bèn khởi hoặc tạo nghiệp, bèn có hành động của nghiệp, sản sinh ba nghiệp thân ngữ ý sai lệch. Hành này không những là chỉ hành vi sai lầm, cũng là bao quát tập quán lực của hành vi, nhân vì bất kỳ hành vi, kinh nghiệm nào của chúng ta, rõ chẳng phải là sau hành vi thì sẽ tiêu diệt, mà là nhất định sẽ có lực lưu giữ, tác động làm trí năng, tánh cách... Các tố chất mà bảo tồn, chứa nhóm.
2.3. Thức: là ý chỉ “chủ thể nhận thức” tức là tâm nhận thức chủ quan. Nhân do ở sự lưu chuyển của nghiệp lực mà hình thành chủ thể sinh mệnh.
2.4. Danh sắc: tức là năm uẩn. Thọ, tưởng, hành, thức uẩn là chỉ phương diện tinh thần danh; sắc uẩn gọi là sắc, là chỉ phương diện nhục thể hoặc vật chất. Tất cả hữu tình đều là do “danh sắc” hòa hợp mà thành, do sự phát triển và tích tụ của thức mà có sự tác dụng của sinh lý và tác dụng của tinh thần.
2.5. Lục nhập: chỉ sáu căn: nhãn, nhĩ, tỷ, thiệt, thân, ý; ý tức là cảm giác, năng lực biết. Danh sắc tiếp tục phát đạt mà hoàn thành nhãn, nhĩ, tỷ, thiệt, thân, cảm thọ được cơ quan kích thích từ bên ngoài đến.
2.6. Xúc: tức là sự hòa hợp của ba món: sáu căn, sáu cảnh, sáu thức; cũng tức là do: căn, cảnh, thức mà có tác dụng nhận thức cảm giác. Nhân vì có sáu căn, nó sẽ có thể cảm thọ và xúc đối cảnh giới sáu trần; xúc là một chi trọng yếu mười phần trong mười hai duyên khởi. “Năng xúc” là căn, “sở xúc” là cảnh, hoàn cảnh tốt xấu, thì sẽ liên hệ cảm thọ nơi căn của chúng ta.
2.7. Thoï: Căn và trần xúc đối với nhau, nhất định sẽ tiếp thọ cảnh trần bị xúc đối (sở xúc). Thí như “nhĩ căn” của chúng ta đối với “thinh trần” thì sẽ tiếp thọ các thứ âm thinh, thân căn tiếp xúc lạnh nóng (trần) thì biết cảm thọ lạnh nóng. Trở lên, thức, danh sắc, lục nhập, xúc, thọ là năm chi quả khổ của đời hiện tại.
2.8. Ái: Ái là tham ái, sáu căn lãnh thọ sáu trần như vậy, đối với cảnh bị tiếp nhận, vọng sanh suy tính phân biệt, đối với việc vui thích nơi tâm lại sinh tâm tham ái, không thích nơi tâm thì khởi tâm nhàm ghét. Tâm tham ái và nhàm ghét này, nó là cội nguồn sanh tử luân hồi của sáu đường chúng sinh. Phát tâm Phật học tu hành, tức là cần phải tu cái tâm vọng tưởng. Tác dụng của ái rất là lớn, ái có bảy món tình niệm: hỉ (mừng), nộ (giận), ai (buồn), lạc (vui), ái (yêu), ố (ghét), dục (ham muốn).
HỈ: thành tựu được việc ta yêu thích, trong tâm sẽ hoan hỉ.
NỘ: bị tước đoạt việc ta yêu thích, trong tâm sinh giận.
AI: bị mất đi cái ta yêu thích, trong tâm sinh buồn rầu.
LẠC: được cái ta yêu thích, trong tâm vui vẻ.
ÁI: tất cả hoàn cảnh hễ có lợi đối với ta, thì trong tâm khởi sinh tham ái, vọng niệm tham đến mức không nhàm chán.
Ố: việc trái với sự yêu thích của ta, trong tâm sinh nhàm ghét.
DỤC: Thuận theo sự yêu thích của ta, trong tâm sẽ sinh ham muốn.
Nương đây mà xem, thì Ái đích xác là căn bản của sinh tử, món ác hàng đầu của phiền não.
2.9. Thuû: Đã Ái rồi cảnh giới năm dục bị tham, thì nghĩ cho hết cách thu lấy nó về mình, theo sự ham muốn của tâm làm cho ta được hưởng thụ, càng nhiều càng tốt, chẳng nghi vấn một chút nào, rồi sẽ làm ra món món nghiệp ác, nếu như cảm thấy hoàn cảnh trái lại sự yêu thích của ta, thì phát sanh phẫn hận, không kể gì cả, mặc ý vọng làm ra rất nhiều nghiệp tội lỗi; cho nên nói rằng Thủ là đứng đầu của tội và là đầu mối của họa, chúng ta nên từng giờ từng khắc nắm chặt lấy cái miệng cột của Thủ, có thể đoạn trừ được cái nhân phiền não, khả dĩ khỏi thọ khổ sinh tử, Thủ này và Ái, cho đến Vô minh, ba chi này gọi là “nhân mê hoặc của phiền não”.
2.10. Hữu: tức là cái hữu “bất muội của nhân quả”, đối với cảnh bị ái, đem nó mà giữ gìn, đối với cảnh chẳng ái xả trừ nó đi, nhân đó bèn làm ra các món nghiệp, thật là biển nghiệp mênh mông, khổ não vô lượng, có nhân nghiệp nhất định báo cảm lấy quả nghiệp.
2.11. Sinh: Chỉ là do tình sanh đối với một bộ loại hữu tình nào đó, hoặc chỉ cho luật sống ngày thường, có kinh nghiệm sinh ý. Trước ấy là cậy các lực (tri năng, tính cách thể chất) toàn bộ kinh nghiệm trong quá khứ của hữu tình mà sinh, cho nên mỗi con người đều đủ có tố chất nhất định. Sau ấy là chỉ cái tố chất (hữu) của con người làm cơ sở, mà có kinh nghiệm mới sẽ được phát sinh. Tóm lại, cả hai việc ấy đều là từ nơi Hữu mà sản sinh ra sự sống mới.
2.12. Lão tử: Từ Sinh về sau phát sinh ra lão, bệnh, tử, buồn rầu khổ não, ... cuối cùng bước lên con đường tử vong. Lão và tử là đại biểu cho cái khổ não của tất cả.
Lợi dụng nguyên lý của 12 duyên khởi, có thể giải dịch ra hiện tượng luân hồi của ba đời. Nói một cách tổng quát, tức là HOẶC (duyên), NGHIỆP (báo), KHỔ (báo); tức là nhân nơi Hoặc (phiền não) ắt tạo Nghiệp, do nơi tạo Nghiệp nhất định thọ báo mà sinh Khổ, nhân nơi Khổ mà sinh ra phiền não mới. Như vậy ba món này xoay vần xen nhau làm nhân duyên, mãi luân hồi trọn không dừng dứt. Cũng tức là nói, do nơi Vô minh, Ái, Thủ duyên với các món phiền não, bèn có cái nhân đó mà tạo thành Thức, danh sắc, lục nhập, xúc, thọ, lão và tử v.v... các khổ báo.
Mười hai duyên khởi (nhân duyên) là đạo lý dùng để giải thích con người vì sao ở trong biển khổ sinh tử vần xoay luân hồi. Mười hai duyên khởi xem ra là từ vô minh... cho đến lão tử, nương nơi thứ loại mà tìm chọn. Nhưng nó chẳng phải là một đường thẳng mà là một hình vòng tròn mắc xích với nhau. Mạng sống tức là như thế này, đầu mà cuối, cuối mà lại đầu, lưu chuyển luân hồi không dừng, giống như gà... trứng..., trứng... gà...
Sự suy lão, tử vong của chúng sinh tức là nhân vì chúng ta có sinh, có sinh mới có chết. Mà chúng ta sở dĩ đầu thai đến nhân gian, đây là chúng ta đã vì ngu xuẩn và vô tri, không rõ thị phi, vọng loạn làm ác. Do đó chúng ta đời này cần nỗ lực làm thiện, đoạn tuyệt tất cả nhân ác, học Phật tu hành, thường thường trì niệm “Nam Mô A Di Đà Phật”, về sau khỏi phải thọ lấy luân hồi khổ báo.
Mười hai duyên khởi chỉ bảo chúng ta cái nguyên nhân sinh tử, đánh thức chúng ta cần phải tiến một bước nghiên cứu như thế nào liễu thoát khỏi sự uy hiếp của sinh tử, chẳng vậy thì sống say chết mộng, khổ nạn vĩnh viễn, không có ngày ngừng nghỉ.