Khởi nguyên của Mật giáo Ấn-độ có từ kinh điển Phệ Đà, rồi sau đó dần dần được lưu hành trong dân gian. Trong quá trình phát triển dài lâu, Phật giáo đã đi vào dân gian, tiếp xúc và hòa đồng với những tập tục, tín ngưỡng của dân gian, tất nhiên cũng đã chịu ảnh hưởng của những tín ngưỡng, tập tục đó; có nghĩa là, Phật giáo cũng tiếp nhận những chú thuật bí mật của dân gian, và dùng chúng để bảo hộ và tránh các tai họa cho tín đồ – thường được gọi là “Tạp Mật”. Vì vậy mà các thần chú thủ hộ đã thấy có xuất hiện trong các kinh luật nguyên thỉ của Phật giáo. Dù sao thì đó vẫn chỉ là sự phôi thai của tư tưởng Mật giáo. Đến thế kỉ thứ 7 TL, khi bộ Kinh Đại Nhật (tức Đại Tì Lư Giá Na Thành Phật Thần Biến Gia Trì Kinh) được xuất hiện ở Nam Ấn-độ, Mật giáo mới chính thức được thành lập. Tư tưởng căn bản của kinh này rút từ Kinh Hoa Nghiêm, chủ trương “tức sự nhi chân” – nghĩa là ở ngay nơi sự tướng hiện thực mà quán sát thẳng vào chân tướng vũ trụ; tập đại thành các vị tôn thần được nói tới trong các kinh điển “Tạp Mật”, lấy đức Đại Nhật Như Lai làm trung tâm mà lập thành “Thai-tạng giới mạn-trà-la” (Garbhadhatu-mandala). Vì lấy bộ Kinh Đại Nhật làm căn cứ, phái Mật giáo này được gọi là Chân-ngôn thừa (Mantrayana), hay cũng gọi là Mật giáo Hữu-đạo; và được coi là đại biểu cho phần lý thuyết của Mật giáo.
Sau đó, khoảng cuối thế kỉ thứ 7, lại có bộ Kinh Kim Cương Đỉnh xuất hiện. Nội dung kinh này thuộc hệ thống Du Già Hành phái, lấy tâm thức làm trung tâm, quán tưởng ngay tự thân để thành tựu sự hỗ nhập viên thông giữa hành giả và Bổn Tôn Phật. Vì lấy bộ kinh này làm căn cứ, phái Mật giáo này được gọi là Kim-cương thừa (Vajra-yana); được coi là đại biểu cho phần thực dụng của Mật giáo. Nhưng về sau, vì phái này kết hợp với phái Tính Lực (Saktah) của Ấn-độ giáo, nên đã bị đọa lạc vào vòng tà đạo; và được gọi là Mật giáo Tả-đạo. Cả hai phái Chân-ngôn thừa và Kim-cang thừa đều là Mật giáo thuần túy, nên thường được gọi là “Thuần Mật” (trái lại với “Tạp Mật” nói trên).
Như vậy, trong lịch sử phát triển của tư tưởng Phật giáo đại thừa ở Ấn-độ, Mật giáo là giai đoạn phát triển thứ ba, sau Bát Nhã và Duy Thức. Giai đoạn này bắt đầu hưng thịnh vào thế kỉ thứ 6 TL, và được hệ thống hóa hoàn toàn vào thế kỉ thứ 8. Theo truyền thuyết, Mật giáo là do đức Đại Nhật Như Lai (Mahavairocana) truyền cho ngài Kim Cang Tát Đỏa (Vajrasattva, vị thượng thủ trong chúng hội của đức Đại Nhật Như Lai). Khoảng thế kỉ thứ 3 TL, Bồ Tát Long Thọ đã dùng thần lực mở cửa ngôi tháp sắt ở Nam Thiên-trúc, được chính ngài Kim Cang Tát Đỏa trao cho hai bộ kinh Đại Nhật và Kim Cương Đỉnh. Sau đó, ngài Long Thọ lại truyền cho đệ tử là Long Trí. 700 năm sau, ngài Long Trí truyền cho ngài Thiện Vô Úy (Subha-karasimba, 637-735); bởi vậy, Mật giáo đã tôn xưng đức Đại Nhật Như Lai là giáo chủ, và Bồ Tát Long Thọ là vị tổ khai sơn.
Ở đây có một chi tiết liên quan đến hai ngài Long Thọ và Long Trí, xin được nói rõ: Theo Phật giáo Tây-tạng, ngài Long Thọ được coi là vị tổ sư của Mật giáo, đã ra đời vào thế kỉ thứ 7 TL; và chính là hậu thân của Bồ Tát Long Thọ ở thế kỉ thứ 2 TL. Vậy là có hai ngài Long Thọ: Long Thọ thế kỉ thứ 7 là vị tái sinh của Long Thọ thế kỉ thứ 2; tuy là hai ngài nhưng vẫn là một. Ngài Long Thọ tái sinh này (600-650) thuộc dòng Bà-la-môn, xuất gia thọ giới tại học viện Na-lan-đà, sau đó đến thành Vương-xá tu 12 năm, chứng đắc thánh quả Đại-thủ-ấn. Tranh tượng vẽ về ngài thường có hình rắn phủ quanh đầu. Đệ tử truyền thừa của ngài Long Thọ là Long Trí, vốn thuộc dòng Bà-la-môn, nhưng thuở trước thường hay đi ăn trộm. Chuyện kể rằng, một hôm, khi ngài Long Thọ đang ở trong tinh xá thì Long Trí mò đến rình xem, thấy ngài Long Thọ đang ăn cơm với một cái bát bằng vàng, liền nẩy ý ăn cắp cái bát ấy. Ngài Long Thọ quán sát, biết được tâm ý của Long Trí, bèn ném cái bát vàng ấy cho Long Trí. Long Trí lấy làm kinh ngạc và cảm phục, bèn xin theo tu học. Ngài Long Thọ làm phép quán đỉnh cho Long Trí nhập môn. Sau 12 năm tinh cần tu học, ngài chứng ngộ thánh quả. – Xét ra thì thuyết này rất hợp lý; theo đó chúng ta có thể quả quyết rằng, ngài Long Thọ ở thế kỉ thứ 2 là một vị đại luận sư đã đóng góp công sức lớn lao trong việc kết tập, xiển dương, phát triển và làm phong phú kinh luận Phật giáo đại thừa; đặc biệt là đã phát hiện bộ Kinh Hoa Nghiêm vĩ đại. Trong khi đó, ngài Long Thọ ở thế kỉ thứ 7 là người đã phát hiện bộ Kinh Đại Nhật và lấy đó làm giáo điển căn bản để chính thức thành lập Mật giáo, và được tôn là vị tổ sư của Mật giáo. Và ngài Long Trí cũng là một nhân vật ra đời ở thế kỉ thứ 7, làm đệ tử của ngài Long Thọ (thế kỉ thứ 7), chứ không phải là nhân vật từng sống lâu đến hơn 700 tuổi như truyền thuyết đã nói.
Mật giáo (Thuần Mật) từ khi được hình thành, liền phát triển mạnh mẽ trên toàn khắp xứ Ấn, nhất là vùng Đông-Ấn. Các vị vua thuộc vương triều Ba-la (Pala, 750-1150) đều bảo hộ Phật giáo, và đặc biệt sùng phụng Mật giáo. Một ngôi chùa lớn, chùa Siêu-giới (Vikramasila), đã được xây cất vào thế kỉ thứ 8 để làm đạo tràng trung tâm cho Mật giáo. Cũng trong thế kỉ thứ 8 này, Mật giáo đã được ba ngài Thiện Vô Úy, Kim Cang Trí (Vajrabodhi, 671-741) và Bất Không Kim Cang (Amoghavajra, 705-774) đem truyền sang Trung-quốc, sau đó thì chính thức thành lập Mật tông tại Trung-quốc; còn hai ngài Tịch Hộ (Santaraksita) và Liên Hoa Sinh (Padmasambhava) thì đem truyền sang Tây-tạng, trở thành tư tưởng chủ yếu của Lạt-ma giáo Tây-tạng. Đầu thế kỉ thứ 9, Hoằng Pháp đại sư (Kobo Daishi, người Nhật) từ Nhật-bản sang Trung-hoa tham học Phật pháp. Khi trở về nước đã truyền bá tư tưởng Mật giáo, và thành lập Chân Ngôn tông ở Nhật-bản.
Thật ra, ở Trung-quốc, trước khi Mật tông được chính thức thành lập từ Thuần Mật (thế kỉ thứ 8, đời Đường), thì những kinh điển thuộc Tạp Mật đã được truyền dịch từ thời đại Tam-quốc. Dịch giả được nhắc đến đầu tiên trong loại kinh điển này là Chi Khiêm ở nước Ngô (dưới thời vua Ngô Tôn Quyền, thế kỉ thứ 3 TL), với các kinh trứ danh như Bát Cát Tường Thần Chú, Vô Lượng Môn Vi Mật Trì, Hoa Tích Đà La Ni Thần Chú, Trì Cú Thần Chú, Ma Ha Bát Nhã Ba La Mật Chú, Thất Phật Thần Chú v.v... Các vị đại sư như Cát Hữu (đời Đông-Tấn, đầu thế kỉ thứ 4) với các dịch phẩm Đại Quán Đỉnh Kinh, Khổng Tước Vương Kinh; Trúc Đàm Vô Lan (đời Đông-Tấn, cuối thế kỉ thứ 4) với các dịch phẩm Đà Lân Bát Chú Kinh, Ma Ni La Đản Thần Chú Kinh; Nghĩa Tịnh (đời Đường, đầu thế kỉ thứ 8) với các dịch phẩm Quán Tự Tại Bồ Tát Như Ý Tâm Đà La Ni Kinh, Mạn Thù Thất Lợi Bồ Tát Chú Tạng Trung Nhất Tự Chú Vương Kinh, Xưng Tán Như Lai Công Đức Thần Chú Kinh v.v...; đều là những dịch giả đã truyền bá kinh điển thuộc loại Tạp Mật, trước khi Thiện Vô Úy và Kim Cang Trí đến Trung-quốc truyền bá các kinh điển Thuần Mật.
Ở Việt-nam, kinh điển Mật giáo được chính thức xuất hiện vào cuối thế kỉ thứ 6 TL. (Lúc này, Mật giáo chưa được chính thức thành lập ở Ấn-độ, chưa được truyền sang Tây-tạng, và Mật tông cũng chưa được thành lập ở Trung-quốc.) Theo sách Thiền Uyển Tập Anh (tác phẩm đầu tiên viết về lịch sử Phật giáo Việt-nam), vào năm 580, thiền sư Tì Ni Đa Lưu Chi (Vinitaruci, ?-594, người Nam Ấn-độ, sang Trung-quốc năm 574, đắc pháp với tổ Tăng Xán) đã từ Trung-quốc sang Việt-nam, đến làng Cổ-châu, huyện Thượng-phúc, trú tại chùa Pháp-vân, dịch Kinh Tổng Trì, giáo hóa đồ chúng, lập nên Thiền phái Tì Ni Đa Lưu Chi; đến năm 594 thì ngài viên tịch. Kinh Tổng Trì, nói cho đủ là Đại Thừa Phương Quảng Tổng Trì, là loại kinh thuộc về Mật giáo. “Tổng trì” là dịch ý từ tiếng Phạn “đà-la-ni” (dharani). Với việc dịch Kinh Tổng Trì và việc thành lập Thiền phái Tì Ni Đa Lưu Chi ở Việt-nam, cho thấy, khi còn ở Ấn-độ, tổ Tì Ni Đa Lưu Chi đã kế thừa tư tưởng Mật giáo; và khi sang Đông-độ vẫn mang theo bên mình ít nhất là một cuốn kinh Mật giáo bằng Phạn ngữ, để sẽ truyền bá Mật giáo khi có cơ duyên thuận tiện. Và cơ duyên đó chính là đạo tràng Pháp-vân ở Việt-nam.
Trước khi dịch kinh Tổng Trì tại Việt-nam, ngài cũng đã dịch kinh Tượng Đầu Tinh Xá tại chùa Chế-chỉ ở Quảng-châu, Trung-quốc. Kinh này chứa đựng tư tưởng Thiền học và mang sắc thái của hệ văn học Bát Nhã. Cho nên chúng ta không lấy làm lạ khi thấy rằng, Thiền phái Tì Ni Đa Lưu Chi đã bắt nguồn từ tư tưởng Bát Nhã, chuyên tu tập Thiền pháp, nhưng cũng hành trì Mật giáo một cách có hiệu quả. Từ đó, nhiều vị thiền sư trong Thiền phái Tì Ni Đa Lưu Chi, không những đạt ngộ trong phương diện Thiền học, mà còn giỏi cả về công phu hành trì Mật giáo, nổi tiếng nhất như các thiền sư Pháp Thuận (?-991), Vạn Hạnh (?-1018), Sùng Phạm (?-1087), Từ Đạo Hạnh (?-1112), Trì Bát (?-1117), Minh Không (?-1141) v.v... Năm 1963, tại Bắc-Việt, người ta có đào được ở làng Trường-yên (thuộc cố đô Hoa-lư của Việt-nam, thời nhà Đinh) một trụ đá tám mặt, do Đinh Liễn dựng lập vào năm 973; mỗi mặt đều có khắc những câu kệ và chú đà-la-ni bằng chữ Hán. Sau đó, người ta lại phát hiện thêm một “kinh tàng” được tạo lập năm 995 đời vua Lê Đại Hành, trong đó có những câu kệ chứa đựng thần chú. Mặc dù vậy, Mật giáo chưa bao giờ trở thành một tông phái chính thức ở Việt-nam.
Trích từ: Trích Lục Từ Ngữ Phật Học