Sám hối không có nghĩa là đọc suông cho Phật nghe để Ngài tha tội cho ta. Mỗi cách sám hối đều có ý nghĩa riêng, tìm được cốt lõi ấy mà tu mới có kết quả.
Bình thường chúng ta phạm lỗi với ai thì trực tiếp xin lỗi người đó. Nhưng tu Hồng danh sám hối, chúng ta lạy Phật, xưng tán danh hiệu Phật, Bồ tát và trồng căn lành ở các Ngài, nhờ các Ngài bảo lãnh để giải trừ ác nghiệp giữa ta và người. Thật vậy, khi còn mang thân nghiệp đầy ắp tội lỗi, chúng ta không có cách gì để người chấp nhận, tha thứ được. Ngoài ra, từ vô thỉ kiếp, chúng ta đã tạo biết bao oan trái trong các loài, các cõi. Làm cách nào có thể đến từng nơi, từng loài để xin lỗi từng việc.
Chúng ta biết rõ Đức Phật là bậc toàn giác, toàn trí có khả năng điều động khắp Pháp giới, thông suốt ba đời, thu thành một niệm. Vì vậy, chúng ta phải mượn lực Phật mới có thể sám hối với tất cả. Lạy Phật, nương theo Phật đức tu hành, tội theo đó mất dần và phước sanh ra. Cũng giống như nương tựa với người có quyền thế, có phước báu, thì chủ nợ cũng để yên cho ta làm ăn, một thời gian phục hồi được cơ nghiệp và trả được nợ.
Ứng dụng pháp sám hối này trên thực tế sẽ thấy rõ kết quả. Khi chúng ta lạy Phật, chiêm ngưỡng Ngài, chỉ nghĩ đến Ngài, không nhớ nghĩ gì khác, thì hình ảnh thánh thiện và cuộc sống cao cả của Phật sẽ tác động tâm ta. Bấy giờ, tâm đã in được hình ảnh Phật, tất nhiên chúng ta sẽ hiện tướng dễ thương, người không còn muốn gây sự nữa.
Chúng ta lạy Phật, thấy Phật bằng mắt, bằng tâm hay niềm tin, thì nghiệp chúng ta tiêu. Nghiệp quá khứ dồn lại thành nghiệp hiện tại, thể hiện qua thân khẩu ý; nhưng ý chủ động thuộc về tánh nghiệp. Vì nghiệp này có sẵn trong lòng, nên có người tái sanh lại còn nhỏ mà tánh đã hung dữ, tham lam.
Chúng ta sám hối là không cho nghiệp ác trong lòng bộc khởi một khoảng thời gian, thì nghiệp tự nhiên bị thủ tiêu. Ví như hột giống gieo xuống đất thành cây, cứ vậy luân chuyển tồn tại. Nhưng nay chúng ta không gieo giống, lâu ngày hột giống tự hủy.
Tuy nhiên, không cho hạt giống nghiệp sanh khởi, tức hạn chế nó, không cho hiện ra thành lời nói hay cử chỉ, hành động bên ngoài là điều dễ làm. Ngăn chặn nghiệp không cho sanh khởi trong tâm mới khó. Thực tế chúng ta thấy có người được huấn luyện thành ác, trong tâm họ rất ác độc, nhưng bên ngoài vẫn tỏ vẻ thật hiền. Họ không để lộ nghiệp ác ra lời nói hay cử chỉ.
Đối với người thực tu, sám hối phải chặn được nghiệp trong tâm. Vì chúng ta biết nghiệp bên ngoài hiện hành rồi cũng tự tàn, còn nghiệp trong tâm quan trọng hơn, nó làm nhân dẫn chúng ta đi thọ sanh đời sau. Thí dụ vua A Dục kéo quân xâm lăng, giết cả xứ Kalinga. Về sau, ông hối hận, nỗ lực làm nhiều việc thiện và hộ pháp, ông trở thành người có công nhất đối với đạo. Chính hành động ác đã tác động vô tâm thiện, tạo thành hạt nhân thiện bên trong, khiến ông tin Phật tuyệt đối và xóa được nghiệp ác.