Chu Nguyên Chương (1368 1398) vốn đã làm chú tiểu trước khi tham gia khởi nghĩa (1280 1368). Cuộc khởi nghĩa toàn thắng nhờ sự tiếp sức và ủng hộ của những hội kín có liên hệ với Phật Giáo như hội Bạch Liên và hội Di Lặc. Chu Nguyên Chương tự gọi mình là Minh Vương, vì tự cho rằng ông là một vì vua Chuyển Luân có liên hệ với Phật Di Lặc. Do đó, triều đại ông lập nên được gọi là triều Minh. Trong những năm đầu của triều Minh, chư Tăng rất được tôn sùng. Tuy nhiên, việc này khiến cho các Nho sĩ sanh tâm ghen ghét. Kể từ năm thứ 15 của triều Minh, niên hiệu Hồng Võ, Chu Nguyên Chương tăng thêm những sắc lệnh về tôn giáo để khống chế Phật giáo và Nho giáo vì sự thoái hóa do chiến tranh gây nên. Chu Nguyên Chương cũng nhận ra tầm nguy hiểm của các hội kín có xu hướng chống lại triều đình. Năm đầu niên hiệu Hồng Võ, Chu Nguyên Chương lập ra các bộ để giám sát Phật Giáo và Ðạo Giáo trong toàn quốc, như ty Tăng Lục và ty Ðạo Lục. Ðứng đầu ty Tăng Lục là một vị tăng trưởng lão và một vị Thiện Sĩ hoặc một vị cao tăng. Các ngài nhận chức là 6a ( địa vị quan chức trong triều đình vào thuở đó, cao nhất là 1a và thấp nhất là 9b) nhưng không lãnh lương bổng (Sau năm 1393, các vị Tăng Cang và Ðạo Cang đều nhận lương bổng). Trung tâm hành chánh của ty Tăng Lục đặt tại chùa Thiên Giới.
Sau khi hoàng đế dời kinh đô từ Nam Kinh lên Bắc Kinh vào năm 1403, các vị Tăng Cang của ty Tăng Lục cũng được chuyển lên chùa Khánh Thọ ở Bắc Kinh. Song, trung tâm hành chánh phụ của ty Tăng Lục vẫn còn đặt nơi chùa Thiên Giới và Báo Ân tại Nam Kinh.
Chu Nguyên Chương lược kê chư tăng vào các hạng như Thiền (tức tu theo Thiền tông), Giảng (tức giảng kinh thuyết pháp), Giáo (tức nghiên cứu kinh giáo). Thiền, tức Thiền tông, là tông phái mạnh nhất trong triều Minh. Giảng, tức giảng kinh thuyết pháp, và tương đương với Giáo trong triều Tống. Giáo, tức đọc tụng nghiên cứu kinh giáo. Song, chữ Giáo trong triều Minh khác với chữ Giáo trong triều Tống. Ðể tránh lầm lẫn, danh từ “Du Già” thường được thay thế cho chữ 'Giáo', nhằm nhấn mạnh rằng những vị tăng thuộc hạng 'Giáo' vốn là hạng tu sĩ bình thường, chuyên đọc tụng kinh điển và làm nghi lễ rườm rà.
Trong triều Tống, Phật giáo được phân rõ thành ba tông phái chính: Thiền tông, Giáo Tông, và Luật tông. Ðến triều Minh, Luật tông đã bị thoái hóa nhiều nên Chu Nguyên Chương thay thế Luật tông bằng Giáo tông hay Du Già tông. Theo một sử liệu quan trọng của Phật giáo, mục đích của tăng sĩ thuộc 'Giáo tông’ trong triều Minh là làm nghi lễ như lễ phóng sanh, lễ cầu nguyện tiêu tai giải trừ họa nạn, lễ diệt trừ nghiệp chướng, lễ cầu nguyện cho thân bằng quyến thuộc được siêu sanh. Danh từ 'Du Già' thường được thay cho chữ 'Giáo' vì các vị tăng sĩ thuộc hạng này không những thường thực tập pháp Du Già mà cũng thường làm nghi lễ, bao gồm những nghi thức về Mật tông. Vì các vị tăng này thường ra ngoài làm lễ cho dân chúng nên được gọi là 'Phó Ứng Tăng'.
Ðương thời, dầu Thiền tông rất được trọng vọng, nhưng các tăng sĩ thuộc hạng Giáo tông lại chiếm hơn phân nửa số tăng lữ. Hoàng đế phân biệt rõ ràng giữa Thiền tăng, tức những vị tăng thọ trì giới luật tại giới đàn, và tăng sĩ thuộc hạng cúng bái, tức những người mua giới điệp từ triều đình. Những tăng sĩ thuộc hạng cúng bái thường rất gần gũi với quần chúng Phật tử. Dĩ nhiên, hạng tăng sĩ cúng bái cũng phải theo giới luật của các tùng lâm, tự viện. Ngoài ra, nhờ sự kiểm soát giới điệp và lập những luật lệ khống chế tăng sĩ cúng bái, triều đình có khả năng kiểm soát quần chúng Phật tử và loại trừ những phần tử chống đối triều đình như những hội kín và những tà giáo. Vì hạng tăng sĩ cúng bái thường sống chung với quần chúng Phật tử và đôi khi lại có gia đình, và vì Phật tử tại gia cũng thường hành lễ rất đa dạng, nên bước đầu tiên là tách rời tăng sĩ chính thống cùng tăng sĩ cúng bái ra khỏi đại đa số quần chúng.
Mật giáo Tây Tạng vốn là quốc giáo của triều Nguyên. Do đó, trong những năm đầu nhà Minh, Mật giáo vẫn còn thịnh hành. Chu Nguyên Chương dường như cố gắng kềm chế Mật giáo, như sai ty Tăng Lục ấn hành những bộ kinh chú hợp pháp làm lễ. Những bài kinh chú không hợp với quần chúng hay không thích hợp với luật lệ đương triều đều bị loại bỏ. Những bộ chú thuần Mật giáo cũng không được phép ấn hành. Ðây không có nghĩa là không có ai hành trì Mật chú.
Giá tiền tụng kinh Hoa Nghiêm thời đó là mười lạng bạc. Tụng kinh chú Thủy Lục và chú Thủ Lăng Nghiêm là nửa lạng bạc.
Ðể tránh sự hỗn tạp, ba hạng tăng sĩ được cấp y ca sa với những màu sắc khác nhau. Cũng vậy, tất cả tự viện nổi tiếng được liệt vào ba hạng khác nhau. Vào những năm đầu nhà Minh, chùa Thiên Giới là trung tâm chính của Thiền tông, tức giám sát những tăng sĩ tu theo Thiền tông. Chùa Báo Ân trông coi tăng sĩ thuộc hạng 'Giảng Sư'. Chùa Năng Nhân chuyên trông coi về tăng sĩ thuộc hạng 'Giáo Tăng', tức tu sĩ cúng bái. Ðương thời, ba ngôi tự viện này ở miền Nam vốn là những trung tâm tu học quan trọng nhất. Chúng đều tọa lạc trên đồi, về phía Nam của
Nam Kinh, không xa kinh thành cho lắm. Ban đầu, Ngài Hám Sơn vốn là học tăng thuộc về hạng 'Giảng Sư' tại chùa Báo Ân, nơi Ngài thọ giới Cụ Túc, nhưng về sau Ngài cũng tu Thiền tại chùa Thiên Giới.
Ðôi khi nhiều ngôi chùa nhỏ liên hợp lại thành một ngôi chùa lớn, và thường được gọi là “đại tùng lâm”. Lắm khi, tăng sĩ và đạo sĩ cùng nhau tu học trong một tùng lâm. Kể từ năm 1372, triều đình ban nhiều sắc lệnh liên hệ với những hoạt động về tôn giáo. Tăng sĩ không được sống chung với quần chúng. Con số tăng lữ và tự viện cũng bị giới hạn.
Theo sắc lịnh vào năm 1387, những ai dưới hai mươi tuổi không được phép thọ giới làm tăng sĩ. Vào năm 1394, lại có một sắc lệnh là những ai dưới hai mươi tuổi muốn vào tu tại các tự viện, phải được cha mẹ và triều đình cho phép. Sau ba năm huấn luyện, điều kiện được thọ giới là những vị sa di phải vào kinh đô để được khảo hạch những kiến thức về kinh điển Phật giáo. Nếu thi rớt, họ sẽ bị đánh và đuổi về làm thường dân. Theo vài tài liệu, bảo rằng triều đình ban sắc lệnh là trong mỗi quận lỵ chỉ được có khoảng từ bốn mươi đến sáu mươi vị tăng. Nếu không có sự chấp thuận của triều đình, không ai được quyền xây thêm chùa chiền. Những tăng sĩ phạm luật này sẽ bị đuổi về làm thường dân và đày làm lính thú tại những vùng biên giới (Vì xây chùa Quán Âm ở Lao Sơn bất hợp pháp mà Ngài Hám Sơn phải bị bắt hoàn tục và làm lính thú ở miền nam vào năm 1596.)
Việc thi hành những sắc lệnh này rất đa dạng và phức tạp vì tùy thuộc vào mỗi niên đại của triều Minh và tùy theo từng vùng trong nước. Dĩ nhiên, đối với Phật giáo, mỗi hoàng đế có những ưu đãi hay bạc đãi riêng biệt. Có lắm khi Phật giáo bị kềm chế gắt gao, và cũng có khi được nới lỏng. Số giới điệp để làm tăng sĩ hay đạo sĩ, được bộ Lễ bán ra vào năm 1440 là 20.. Vào năm 1487, số giới điệp được bán ra để làm tăng sĩ là 200.. Ðôi khi, giới điệp được bán nơi chợ búa. Những số tiền bán giới điệp thường được dùng vào những công tác từ thiện như cứu dân chúng bị thiên tai hoạn nạn hay đói kém. 200. giới điệp được bán ra vào năm 1487 nhằm vào mục đích cứu nạn đói tại Giang Tây.
Dầu rất thịnh hành, nhưng tông Tịnh Ðộ không được chấp nhận chính thức trong ba tông chính của Phật giáo vào triều Minh. Thật ra, tông Tịnh Ðộ nằm vào hạng Thiền Tông. Vì rất được phổ biến trong đại đa số quần chúng Phật tử, nên tông Tịnh Ðộ cũng liên hệ gần gũi với hạng 'Giáo Tông'. Ngoài ra, cũng có nhiều tự viện không được xếp đúng đắn trong ba hạng giáo. Vài ngôi chùa có sự liên hệ với tông Tịnh Ðộ và Luật tông.
Thật ra, vào cuối triều Minh, sự phân chia giữa ba loại tông phái không được rõ ràng. Trong những bài luận, ngài Liên Trì thường dựa vào sự phân hạng của triều Tống để phân biệt các loại chùa viện thuộc tông Thiền, Giảng, Giáo, hoặc Luật, chớ không có Du Già. Theo đại sư Liên Trì, khi đại sư mới thọ giới thì thấy tăng sĩ thời đó đắp những bộ ca sa khác nhau, tùy theo ba loại tông phái. Ngược lại, Ngài Hám Sơn kể rõ sự phân chia giữa ba loại tông phái là Thiền, Giảng, Giáo rõ ràng. Ngài trách cứ rằng hầu hết tăng sĩ đều đắp những bộ y ca sa với màu sắc rực rỡ, chẳng khác nào y phục của dân chúng. Ðạo Phật trong thời của ngài Hám Sơn và Liên Trì có thể tương đối hỗn loạn. Giáo (hay Du Già) và Luật có lẽ liên hợp với nhau.
Trong cuối thế kỷ thứ mười sáu và đầu thế kỷ thứ mười bảy, bốn vị cao tăng xuất hiện: Ngài Hám Sơn, Liên Trì, Tử Bá, Ngẫu Ích. Nhờ các ngài mà Phật giáo mới được hồi sinh trở lại.
Ngài Hám Sơn sanh và thọ giới xuất gia vào niên hiệu Long Khánh (1522 1566), tức vua Thế Tông.
(Ghi chú: Quyển Trung Quốc Sử Cương viết: “Vua Thái Tổ lên ngôi, đóng đô ở Kim Lăng (tức Nam Kinh ngày nay), gọi là Ứng Thiên Phủ, lấy đất Khai Phong làm Bắc Kinh... Dẹp yên đâu đấy rồi, vua lo xếp đặt công việc trong nước. Vua thấy nhà Tống, nhà Nguyên cô lập mà mất, bèn phong cho các con em ở chỗ yếu địa: các nước Tần, Tấn, Yên, Tề, Sở, Thục, Hán, Lương lập nên, được chuyên quyền trong nước mình và lại có nhiều binh lính để làm phiên tỳ che chở cho nhà vua. Yên Vương Lệ ở Bắc Bình, Tấn Vương Cang ở Thái Nguyên đều có thể tiết chế các tướng, nên uy quyền rất lớn. Vì đó mới sinh cái hoạn "nồi da nấu thịt" sau này.
Vua lập con trưởng là Tiêu làm Thái Tử. Tiêu mất, con là Kiến Văn được lập làm Thái Tông. Thái Tông còn bé, vua sợ sau khi vua bách tuế, các công thần chuyên quyền hiếp chế nên trước sau tìm kế vu hãm bọn họ, làm cho liên lụy hàng mấy vạn người lương thiện. Các tướng giỏi đã khổ cực với vua như Giám Ngọc, Hữu Ðức, Phùng Thắng đều lần lượt bị giết; vì thế khi cái loạn Tĩnh Nạn xảy ra không có ai dẹp được.
Vua vốn vi tiện xuất thân, nên đối với các văn thần thường hay nghi kỵ, bề tôi dâng biểu chương trong có chữ gì mà nhà vua nghi ngờ có ý nhạo báng vua thì những người liên hệ việc dâng biểu bị giết hết...
Vua băng, Thái Tông Kiến Văn lên ngôi trở thành vua Huệ Ðế. Khi vua Huệ Ðế còn là Thái Tử, thường lo đến cái hoạn các phiên vương mạnh thế có thể làm nguy cho triều đình, nên đem việc ấy hỏi hoàng tử Trừng. Trừng lấy cái loạn bảy nước đời Hán làm gương và cử Tề Thái để giải quyết.
Vua lên ngôi rồi, bèn cùng hai ông ấy mưu việc tước trừ các phiên vương. Phiên vương nhiều người phải tội chết. Vua nước Yên là Lệ, con thứ vua Thái Tổ, vốn giỏi dùng binh và có nhiều tướng sĩ, thấy mình bị xem xét và đề phòng ngặt quá, bèn cử binh phản, lấy tiếng là để giết hoàng tử Trừng và Tề Thái, gọi binh ấy là binh Tĩnh Nạn.
Vua Huệ Ðế sai Cảnh Bính Văn, Lý Cảnh Long chống cự, đều thua to. Vua bèn sai sứ đến Yên xin nghị hòa, nhưng không thành. Yên Vương Lệ vào đánh kinh đô, tướng giữ thành xin hàng. Trong cung phát hỏa, vua Huệ Ðế không biết ra thế nào.
Lệ lên ngôi Hoàng Ðế; ấy là vua Thành Tổ. Việc cướp ngôi này bị thanh nghị hủy báng lắm (Vua Thành Tổ cướp ngôi rồi sai Văn Học bác sĩ là Phương Hiếu Nho thảo tờ chiếu lên ngôi. Nho không chịu làm, vua dọa giết hết cửu tộc. Nho đáp: «Dẫu giết hết mười tộc cũng chẳng sao!»
Vua đưa bút ép, Nho viết lớn bốn chữ: «Giặc Yên cướp ngôi » (Yên tặc thoán vị). Vua giận sai giết hết chín tộc. Vua Thành Tổ giết hại nhiều quần thần triều trước, làm liên lụy đến nhiều người khác. Vua lo phòng bị người Mông Cổ, nên năm 1421, dời đô về Bắc Kinh, nguyên là kinh đô của nhà Nguyên, gọi là Bắc Kinh, còn Kim Lăng thì gọi là Nam Kinh...
Bấy giờ ở nước Việt Nam ta, Hồ Quý Ly đã tiếm ngôi nhà Trần, đổi quốc hiệu là Ðại Ngu. Ðến con là Hồ Hán Thương dâng biểu sang vua Thành Tổ nói dối là nhà Trần hết người, nên y là cháu ngoại lên thay, được phong là An Nam quốc vương. Sau có cựu thần nhà Trần là Bùi Bá Kỳ qua cáo biến, rồi có Trần Thiểm Bình tự nhận là con vua Trần Nghệ Tông qua nói rõ tình hình và xin binh phục thù, vua Thành Tổ sai sứ sang trách, họ Hồ dâng biểu tạ tội và xin rước Thiểm Bình về nước. Vua Minh đưa Bình về, đến Chi Lăng, đã có tướng của Hồ đón, đem về rồi giết. Vua Thành Tổ giận, sai Trương Phụ và Mộc Thạnh sang đánh diệt nhà Hồ, lấy nước ta, đặt Bố Chính Ty để cai trị. Nước Chiêm Thành và nước Lão Qua cũng đều phụ thuộc vào đấy...
Ðời vua Thành Tổ đã đem nước Việt Nam ta sáp nhập vào Trung Quốc, chia làm phủ, châu và vệ để cai trị. Bấy giờ con cháu nhà Trần là Giản Ðịnh Ðế, Trần Quý Khoách nổi lên mưu việc khôi phục, nhưng rồi cũng bị Trương Phụ dẹp tan cả. Ðến cuối đời vua Minh Thành Tổ, vua Lê Thái Tổ nước ta là ông Lê Lợi khởi nghĩa, dần dần đánh thắng quân Minh nhiều trận. Ðến vua Minh Tuyên Tông, sai Vương Thông sang chống cự, nhưng Vương Thông cũng thua luôn rồi phải xin hòa. Từ đó, nước Việt Nam ta tách khỏi bản đồ nước Tàu, chỉ còn phải giữ lệ triều cống mà thôi...
Ðời Minh, trong loạn Thổ Mộc, vua Anh Tông đã từng bị bắt. Em của vua Anh Tông là Chu Kỳ Ngọc (tức là Thành Vương) lên ngôi. Sau này Anh Tông được thả về kinh đô. Lúc Chu Kỳ Ngọc bị bịnh nặng, Anh Tông lên ngôi tức vị trở lại. Sách Trung Quốc Sử Cương viết:
“Ðời vua Thành Tổ, phong cho tù trưởng Mã Cáp Mộc làm Thuận Ninh Vương, nhưng sau Cáp Mộc phản, bị đánh thua phải hàng. Ðến đời vua Anh Tông, tù trưởng là Dã Tiên (cháu nội Mã Cáp Mộc) đã mạnh lắm, bắt Trung Quốc hằng năm phải cống tiền của và những đồ vật quý lạ. Rồi sau nhân các điều yêu sách không được thỏa mãn, bèn cử đại binh vào đánh, hạ được nhiều đồn ải. Bấy giờ hoạn quan Vương Chấn đương được vua sủng tín, khuyên vua thân chinh. Vua sai em là Thành Vương giữ kinh đô, rồi đem quân đi, đến Tuyên Phủ, quần thần xin ngừng lại, nhưng Vương Chấn không chịu. Vua đến Ðại Ðồng, Vương Chấn xin tiến nữa, nhưng vua nghe lời thái giám Quách
Kỉnh, lui quân. Dã Tiên đuổi theo, vây vua tôi nhà Minh ở đồn Thổ Mộc (phía tây huyện Hoài Lai, tỉnh Sáp Cáp Nhĩ), rồi Vương Chấn cùng nhiều đại thần bị giết, vua Anh Tông bị bắt. Chốn Kinh Sư chấn động, nhiều người bàn nên dời đô về Nam, nhưng Vu Khiêm, Thị lang Bộ binh không chịu, lập Thành Vương lên ngôi. Ấy là vua Cảnh Ðế, tôn vua Anh Tông làm Thái Thượng Hoàng. Dã Tiên nói là để đưa Thái Thượng Hoàng về, đem quân vào bức kinh đô, và đòi các đại thần phải ra rước Thái Thượng Hoàng. Vu Khiêm đốc suất quân sĩ đại phá được quân Dã Tiên, và nhờ bấy giờ tướng súy trấn giữ các nơi có nhiều người khá, nên thắng quân giặc được nhiều trận. Dã Tiên phải xin hòa, đưa Thái Thượng Hoàng về.
Vua Thái Tổ đã khắc vào bia để ở cung môn cấm hoạn quan dự việc triều chính. Khi binh Tĩnh Nạn dấy lên, có nhiều hoạn quan phụ theo nên vua Thành Tổ mới bắt đầu dùng bọn ấy vào những việc đi sứ, việc quân, và lập ra Ðương Xưởng giao cho hoạn quan làm chủ để dò xét Nn sự của thần dân. Về sau, hoạn quan dần dần đắc dụng, nhiều khi nắm cả chính quyền, làm cho việc nội trị nhà Minh hủ bại. Ðời vua Anh Tông, hoạn quan Vương Chấn được tin dùng, làm những việc càn dở, kết quả gây nên cái họa ở Thổ Mộc. Khi được Dã Tiên đưa về rồi, vua Anh Tông ở Nam Cung; vừa gặp lúc vua Cảnh Ðế đau, Thạch Hanh mưu cùng hoạn quan là Tào Cát Tường đem gia binh phá cửa vào cung, rước vua Anh Tông trở lên ngôi, phế vua Cảnh Ðế xuống tước Thành Vương. Cậy công ấy, bọn Thạch Hanh tha hồ làm bậy, vu Vu Khiêm rồi đem giết, trăm họ đều oán giận. Về sau Thạch Hanh mưu phản, bị giết chết.
Vua Hiến Tông kế vị vua Anh Tông, ban đầu dùng Lý Hiền, Bành Thời, Thương Lạc làm tướng, dẹp bình nội loạn, lại đánh được rợ Diêu Ðồng ở Ðại Ðằng, trong nước yên được một thời gian. Về sau, Lý Hiền, Bành Thời mất, vua nhác việc triều chính, chỉ vui chơi với các cung phi có đến số vạn. Thái giám là Ương Trực, giống rợ Diêu Ðồng, rất xảo quyệt, được vua tin dùng. Vua lập thêm Tây Xưởng, giao cho Trực trông nom để dò xét việc ngoài, Trực sai Hiệu Úy ra khắp bốn phương, hà nhiễu, vu hại trăm họ, quan dân đều ta thán.
Hiến Tông băng, Hiếu Tông lên ngôi, dùng Lưu Kiện, Tạ Thiên giúp việc, việc chính trị được sáng sủa một thời gian.
Ðời kế vua Hiếu Tông là vua Võ Tông, hoạn quan Lưu CNn chuyên hoạnh càng lắm. CNn dẫn vua chơi bời, mọi việc triều chính đều tự mình quyết định, lại đến nỗi nhiều khi bày cho vua làm những điều phi pháp. Vua Thế Tông kế vị vua Võ Tông (1521) là người có học vấn, tính nghiêm lệ, giá ngự được bọn hoạn quan, nhưng không sáng suốt, từ trung niên về sau mê việc thần tiên, xao lãng việc chính, để cho Nghiêm Tung trộm quyền làm bậy. Nội chính đã hư, ngoại hoạn lại gấp, nhà Minh bắt đầu đi đến tàn cuộc vậy.
Vua Thế Tông, hiệu Long Khánh (1567 1572), sùng tín Ðạo giáo, nên dành hết thì giờ trong cấm cung để chế thuốc tiên và hành lễ Ðạo giáo mà xao lãng việc triều chính. Năm 1536, nhà vua ra lịnh hủy phá các tượng Phật trong hoàng cung và tại kinh đô. Ông mất vì uống thuốc tiên.
Ðến đời vua Thần Tông, niên hiệu Vạn Lịch (1573 1620), Phật giáo được phát triển mạnh mẽ trở lại. Ngài Hám Sơn trưởng thành trong niên hiệu Vạn Lịch này. Ðạo Phật được phát triển mạnh mẽ trong niên hiệu Vạn Lịch phần lớn nhờ sự ủng hộ của Lý thái hậu (1556 1614). Cuộc đời của ngài Hám Sơn gắn liền với sự tranh chấp quyền hành giữa Lý thái hậu và vua Thần Tông. Kết quả là ngài Hám Sơn bị bắt hoàn tục và lưu đày vào miền Nam. Cấu trúc của chính thể tại triều đình là nền tảng căn bản cho sự tranh chấp. Vua Hồng Võ (Chu Nguyên Chương) thiết lập nội các triều đình cơ bản như sau: trung ương thì đặt Trung Thư Tỉnh, rồi chọn tả hữu Tể Tướng từ trong đó. Bên dưới Tể Tướng là lục bộ: Bộ Lại, bộ Hộ, bộ Lễ, bộ Binh, bộ Hình, bộ Công. Sau này, vì có Tể Tướng là Hồ Duy Dung mưu phản vào năm thứ 13 đời vua Thái Tổ, nên nhà vua ra sắc lệnh những thái tử nối ngôi nhà Minh phải hủy bỏ Trung Thư Tỉnh, và bảo rằng triều thần nếu có ai còn nhắc đến việc lập Tể Tướng thì sẽ bị cực hình. Do đó, nhà vua để cho lục bộ chuyên quyền hành. Vì không có cơ cấu trung ương, nên nhà vua thường dựa vào viện Hàn Lâm để cung cấp quan văn và các đại học sĩ cho triều nội. Từ viện Hàn Lâm sản sinh ra Nội Các. Mỗi phần tử của Nội Các đều tự xưng là Ðại Học Sĩ. Họ phục tùng theo và được viện Hàn Lâm cử vào nhậm chức trong hoàng cung. Ðồng thời họ cũng thường được bổ chức vào lục bộ. Thế nên, Nội Các làm môi giới giao tiếp giữa triều nội và lục bộ. Từ đó, Nội Các dễ dàng bị hoàng tộc, cung phi, thái giám lợi dụng. Họ cũng bị các quan lại trong lục bộ ghen ghét vì thường được bổ chức vụ cao nhờ sự liên hệ với viện Hàn Lâm chứ không phải do kinh nghiệm hành sự ở các bộ. Va chạm quyền hành thường xảy ra một khi hoàng đế và nội các bị hoàng tộc hay các quan thái giám lợi dụng.
Theo sắc lệnh của vua Hồng Võ, các vị vua sau này không được lập ra chức Tể Tướng. Nhưng trên thực tế, có quan Thủ Phủ thường hành sự như quan Tể Tướng. Vì sự sắp đặt triều chính bất định, nên đây là nguyên nhân chính sanh ra các việc tranh giành quyền thế.
Lúc lên ngôi, vua Thần Tông, hiệu Vạn Lịch, chỉ có mười tuổi, nên Lý thái hậu lo việc nhiếp chính triều nội. Dĩ nhiên bà trở thành một nhân vật rất quan trọng trong nước. Theo sắc dụ nhà Minh, chỉ có cha của thái hậu mới được giữ thái ấp. Song, ba tộc của Lý thái hậu đều được phong cấp thái ấp, tức vi phạm sắc lệnh triều đình. Họ cấu kết với nhau thành nhóm và gây ảnh hưởng rất lớn trong triều nội. Nhờ nhóm này mà Trương Cư Chính (1524 1582), một vị Tể Tướng tài ba nhất của nhà Minh, lên cầm quyền. Lý thái hậu là một tín đồ rất sùng bái Phật giáo. Ðây là yếu tố quan trọng cho sự phục hưng Phật giáo. Ngài Hám Sơn thường gọi bà Lý thái hậu là Thánh Mẫu, và quần chúng thường gọi bà là Phật Lão Nương Nương. Sau này, vua Thần Tông ít sốt sắng ủng hộ Phật giáo hơn bà Lý thái hậu. Trong niên đại Vạn Lịch, các bộ kinh Ðại Tạng đều được in ấn.
Sự thăng chức của Trương Cư Chánh là một thí dụ điển hình của việc tranh chấp trong triều nội. Sau khi đậu bằng Tấn Sĩ vào năm 1547, ông trở thành thành viên của viện Hàn Lâm. Năm 1567, vào niên hiệu Long Khánh, ông vừa làm quan nội các vừa làm cố vấn bộ Lại. Sau này, ông làm Giám Học, trông coi dạy dỗ thái tử, tức vua Thần Tông. Khi vua Thế Tông, tức Long Khánh, mất vào năm 1572, Trương Cư Chánh lên làm Thủ Phủ của triều đình. Trong mười năm đầu của niên hiệu Vạn Lịch, quyền hành đều nằm trong tay của Lý thái hậu và Trương Cư Chánh. Nhờ ông ta là một Tể Tướng tài ba lỗi lạc nên quốc gia được hưng thạnh qua những sửa đổi cải cách về ruộng đất, thuế má, biên phòng. Tuy nhiên, ông ta bị quan lại trong lục bộ ghen ghét vì nhiều vị quan bị cách chức.
Khi Trương Cư Chánh mất vào năm 1582, vua Thần Tông bắt đầu tự nhiếp chính triều đình. Nhà vua đã chán ngấy sự dạy dỗ và khống chế bức ngặt của Trương Cư Chánh trong bao năm. Trong việc phấn đấu cho sự độc lập, nhà vua cảm thông nỗi khổ của những người chống chọi Trương Cư Chánh. Thế nên, vừa mất đi thì địa vị và danh tiếng của Trương Cư Chánh liền bị phế bỏ. Bên cạnh đó, mối liên hệ giữa nhà vua và Lý thái hậu cũng sứt mẻ, hàng loạt tranh chấp nổi lên, bao quanh vấn đề chọn lựa thái tử. Những sự tranh chấp này ảnh hưởng lớn lao đối với cuộc đời tu hành của ngài Hám Sơn.
Thần Tông là ông vua biếng nhác thường bỏ bê việc triều chính, chỉ bỏ thời gian hưởng thụ dục lạc với cung tần mỹ nữ trong cấm cung. Những chức vụ trống thường không được bổ sung. Quyết định về những việc quan trọng thường bị đình trệ. Những quan lại thừa quyền của Trương Cư Chánh không đủ sức để lo việc nhiếp chính. Họ vừa bị hoàng tộc và các quan thái giám lợi dụng và vừa bị sự chống đối của các ông quan hủ bại. Sau sự tranh chấp về việc chọn lựa thái tử chấm dứt thì những sự tranh chấp khác lại nổi lên, khiến cho nhà Minh ngày càng bị suy sụp.