Thập nhị nhân duyên là phép tu hành của Duyên giác thừa, phép này chủ yếu quán sát tất cả các sự vật, cho đến luân hồi, đều do nhân duyên mà phát khởi, nhân duyên hội họp thì gọi là sanh, nhân duyên tan rã thì gọi là diệt, sự thất vốn không có cái gì sanh, cái gì diệt cả.
Trước khi Phật ra đời, cũng đã có nhiều vị tu hành giác ngộ được đạo lý nhân duyên, ra khỏi luân hồi, đó là các vị Độc giác.
Các vị Độc giác thường quán tất cả các sự vật, dù thân hay cảnh, dù sống hay chết, đều do các duyên hội hợp mà hóa thành như có, chứ không phải thật có. Các vị thường quán các sự vật, chỉ có tánh đối đãi, chứ không có tự tánh. Ví dụ như tờ giấy, nó có những tính cách là mỏng, là vuông, là trắng, những tính cách đó đều là đối đãi, vì mỏng đối với dày mà có, vuông đối với cái không phải vuông mà có, trắng đối với cái không phải trắng mà có, lại tờ giấy là vật có hình tướng, cũng có đối với không mà thành, rõ ràng tờ giấy chỉ có những tính cách đối đãi, ngoài những tính cách ấy ra, thì không chỉ thế nào là tờ giấy được.
Lại tờ giấy là một nhất hợp tướng, do rất nhiều cực vi kết hợp lại mà thành, ngoài các cực vi ra, cũng không còn tờ giấy nữa.
Lại tờ giấy có những nguyên nhân của tờ giấy, nơi tờ giấy, người ta có thể nhận rõ tác dụng của các nguyên nhân ấy, đã kết hợp như thế nào, ngoài những tác dụng ấy ra, cũng không thể tìm cái gì là tờ giấy được.
Quán sát như thế, thì nhận rõ được các tướng của sự vật đều giả dối, không thật, theo duyên mà phát hiện, theo duyên mà thay đổi, không có gì là chắc thật cả.
Các vị Độc giác quán sát như thế, thì ngộ được các pháp đều vô ngã, cảnh cũng vô ngã, thân cũng vô ngã, cho đến những sự sống, chết đều vô ngã. Đồng thời, các vị Độc giác cúng ngộ được các pháp vô ngã như thế, theo duyên mà chuyển biến, mà thường dùng định lực quán cái có ra không, cái không ra có, làm cho càng rõ thêm sự thật của mọi sự vật, chứng được bản tánh vô ngã và ra khỏi luân hồi.
Đối với những đệ tử Phật, có căn cơ quán sát nhân duyên, thì Phật dạy 12 nhân duyên phát khởi ra luân hồi, để các đệ tử ấy tu tập theo và chứng quả Duyên giác.
Mười hai nhân duyên của luân hồi là một dây chuyền liên tục, chuyền từ khâu này đến khâu khác, trong một đời cũng như trong nhiều đời. Mười hai nhân duyên ấy là vô minh duyên ra hành, hành duyên ra thức, thức duyên ra danh sắc, danh sắc duyên ra lục nhập, lục nhập duyên ra xúc, xúc duyên ra thọ, thọ duyên ra ái, ái duyên ra thủ, thủ duyên ra hữu, hữu duyên ra sinh, sinh duyên ra lão tử.
Cần nhận rõ hành tướng của các nhân duyên, hiểu rõ sự tác động của nhân duyên này đối với sự phát sinh của nhân duyên khác, dùng phép quán duyên khởi, diệt trừ những khâu chính trong dây chuyền 12 nhân duyên, để đi đến chứng được đạo quả của Duyên giác thừa.
1. Vô minh: Vô minh là không sáng suốt, là mề lầm, không nhận được bản tính duyên khởi chân thật. Do vô minh, nên không biết tất cả sự vật, dầu thân, dầu cảnh, dầu sinh, dầu diệt, dầu năng, dầu sở, dầu có, dầu không, đều do nhân duyên hội họp mà giả dối sinh ra, do nhân duyên tan rã mà giả dối mất đi, đều theo nhân duyên mà chuyển biến như huyễn, như hóa, không có thật thể. Chính vì không biết như thế, nên lầm nhận thật có cái ta, thật có cái thân, thật có hoàn cảnh, rồi do sự đối đãi giữa thân tâm và cảnh giới, phát khởi ra những tâm niệm sinh diệt chuyển biến không ngừng.
2. Hành: Hành, chính là cái tâm niệm sinh diệt chuyển biến không ngừng ấy, nó làm cho chúng sanh nhận lầm có cái tâm riêng, cái ta riêng của mình, chủ trương gây các nghiệp, rồi về sau chịu quả báo.
3. Thức: Tâm niệm sinh diệt tiếp tục ấy, theo nghiệp báo duyên ra cái thức tâm của mỗi đời, chịu cái thân và cái cảnh của loài này hoặc loài khác.
4. Danh sắc: Các thức theo nghiệp báo duyên sinh ra danh sắc. Sắc, bao gồm những cái có hình tướng, như thân và cảnh; Danh, bao gồm nhwnxgc ái không có hình tướng, như cái sự hay biết, nói một cách khác, là thức tâm thuộc nghiệp nào, thì hiện ra thâm tâm và cảnh giới của nghiệp ấy.
5. Lục nhập: Thân tâm đối với cảnh giới thì duyên khởi ra các sự lãnh nạp nơi 6 giác quan, nhãn căn lãnh nạp sắc trần, nhĩ căn lãnh nạp thanh trần, tỷ căn lãnh nạp hương trần, thiệt căn lãnh nạp vị trần, thân căn lãnh nạp xúc trần và ý căn lãnh nạp pháp trần.
6. Xúc: Do những lãnh nạp như thế, mà các trần ảnh hưởng đến tâm hay biết sinh ra quan hệ với nhau, nên gọi là xúc.
7. Thọ: Do những quan hệ giữa tâm và cảnh như thế, nên sinh ra các thọ là khổ thọ, lạc thọ, hỷ thọ, ưu thọ và xả thọ.
8. Ái: Do các thọ đó, mà sinh lòng ưa ghét, đối với lạc thọ, hỷ thọ thì ưa, đối với khổ thọ, ưu thọ thì ghét và đã có ưa ghét thì tâm gắn bó với thân, với cảnh, hơn bao giờ hết.
9. Thủ: Do tâm gắn bó với thân, với cảnh nên không thấy được sự thật như huyễn, như hóa, mà còn kết hợp được những ảnh tượng rời rạc đã nhận được nơi hiện tại, thành những sự tướng có định, rồi từ đó chấp mọi sự vật đều có thật, sự chấp trước như thế, gọi là thủ.
10. Hữu: Do tâm chấp trước, nên những sự vật như huyễn như hóa lại biến thành thật có, có thân, có cảnh, có người, có ta, có gây nghiệp, có chịu báo, có sống và có chết, cái có như thế, tức là hữu.
11. Sinh: Có sống, tức là có sinh, nói một cách khác, là do không rõ đạo lý duyên khởi như huyễn, không có tự tánh, nên nhận lầm thật có sinh sống.
12. Lão tử: Lão tử là già rồi chết. Do có sinh sống, nên có già, rồi có chết.
Mười hai nhân duyên là một dây chuyền liên tục, chuyền từ khâu này đến khâu khác trong nhiều đời. Do có vô minh qua hành ở các đời quá khứ nên duyên khởi ra thức tâm của đời này. Thức tâm ấy, theo nghiệp báo duyên sinh ra danh sắc, danh sắc duyên sinh ra lục thập, lục thập duyên sinh ra xúc, xúc duyên sinh ra thọ. Thức, danh sắc, lục nhập, xúc và thọ, đều là cái quả báo dị thục của các nghiệp, đã gây ra từ trước.
Khi tâm chúng sanh chịu cái quả báo đó, thì do sự đối đãi giữa thân và cảnh lại sinh ra những điều ưa ghét, đó là ái. Rồi do có ưa ghét, mà gắn bó với thân và cảnh, chấp là thật có, không biết thân tâm và cảnh giới đều duyên khởi như huyễn, đó là thủ. Do có chấp trước, nên mọi sự vật, vốn là huyễn hóa, lại biến thành thật có, thân cũng có, cảnh cũng có, ý thức phân biệt cũng có, mình cũng có, người cũng có, rồi từ đó, sinh ra có gây nghiệp và có chịu báo.
Đã có gây nghiệp và đã có chịu báo, thì khi hết thân này, nghiệp báo sẽ dẫn dắt vào một thân khác trong vị lai, đó là sanh, mà đã có sanh thì nhất định có lão tử.
Nếu xét các duyên, từ đời hiện tại đến đời tương lai, thì chẳng những cái vô minh sẵn có từ trước là vô minh, mà thức, danh sắc, lục nhập, xúc, thọ cũng đều thuộc về vô minh. Hành cũng thế, chẳng những các nghiệp quá khứ là hành, mà các nghiệp hiện tại như ái, thủ hữu cũng đều thuộc về hành. Như thế, vô minh quá khứ cộng với vô minh hiện tại, cùng nhau duyên khởi ra thức tâm của nghiệp báo đời sau. Về nghiệp báo đời sau, thì trong một chữ sanh, đã gồm đủ thứa, danh sắc, lục nhập, xúc, thụ, ái và thủ, hữu, thì một phần thuộc về sanh, một phần thuộc về lão tử. Rồi do trong đời vị lai này, có gây nghiệp, có chịu báo, nên có sanh và lão tử đời sau nữa.
Do mười hai nhân duyên chuyển mãi, từ khâu này đến khâu khác, trong quá khứ, hiện tại, vị lai, nên chúng sanh chìm đắm mãi mãi trong đường luân hồi.
Nhưng nếu xét cho cùng, thì chẳng những trong nhiều đời, mà trong một đời, chẳng những trong một đời, mà trong từng niệm, từng niệm, mười hai nhân duyên vẫn duyên khởi ra nhau, liên tục không gián đoạn. Trong một đời, thì chúng sanh do vô minh không nhận đạo lý duyên khởi như huyễn, nên tâm mới vọng động, đó là hành. Do tâm vọng động mà có tiềm thức phát khởi liên tục theo nghiệp báo và duyên ra danh sắc, danh sắc duyên ra lục thập, lục thập duyên ra xúc, xúc duyên ra thọ, thọ duyên ra ái, ái duyên ra thủ, và đã có chấp thủ thì có thân tâm, có cảnh giới, có gây ra các nghiệp huân tập nơi tiềm thức, cho đến có sự sinh sống, có sự chuyển biến, có già, có chết. Nhưng sinh, trụ, dị, diệt như thế, xét cho cùng tột, thì từng niệm, từng niệm, chúng sanh đều có, nên từng niệm, từng niệm cũng đều đầy đủ 12 nhân duyên.
Trong mười hai nhân duyên, thì nguyên nhân căn bản của luân hồi, tức là vô minh và nguyên nhân của tất cả sự chuyển biến trong luân hồi, tức là hành. Chỉ khi nào diệt trừ được vô minh, thì mới giác ngộ, chỉ khi nào diệt trừ được hành, thì mới hết sanh diệt, vì thế, , các vị tu hành phép thập nhị nhân duyên, cần phải theo đạo lý duyên khởi, mà quán tất cả sự vật đều duyên sinh như huyễn, không có tự tánh, để diệt trừ vô minh. Khi phát ra trí tuệ, trừ được vô minh, thì hành diệt, hành diệt thì thức diệt, thức diệt thì danh sắc, lục thập, xúc, thọ, ái, thủ, hữu, sinh, lão tử đều diệt hết. Nên nhận rõ 12 nhân duyên chỉ duyên sinh ra nhau và mỗi khâu, chỉ một nhân duyên đối với khâu khác, chứ không phải tất cả các nhân duyên đối với khâu ấy, như vô minh duyên sinh ra hành, thì vô minh là một nhân duyên, trong nhiều duyên sinh ra hành, chứ không phải một mình vô minh sinh ra hành. Nói vô minh duyên sinh ra hành, thì có nghĩa là, nếu thiếu vô minh làm nhân duyên thì hành không phát khởi được. Đối với các khâu khác, thì cũng đều có nghĩa như thế. Nhưng, nếu trong tất cả các duyên tạo thành một khâu, diệt trừ được một duyên, thì cái khâu ấy quyết định không sinh ra được. Chính vì vậy, ngược lại, lúc lưu chuyển, khi đã diệt trừ được vô minh, thì cả 12 nhân duyên đều được diệt trừ và người tu hành được giải thoát ra khỏi sanh tử.
Trong lúc tu phép quán thập nhị nhân duyên để ra khỏi luân hồi, nhà tu hành thường quán theo đạo lý duyên khởi và bắt đầu diệt trừ những khâu quan trọng, duyên khởi ra phân đoạn sinh tử là ái, thủ và hữu. Các vị này, nương theo đạo lý duyên sinh, quán biết thân cảnh đều giả dối, không thật và các thọ sinh ra trong quan hệ giữa thân và cảnh, vốn không có gì, nên diệt trừ được lòng ưa ghét. Khi lòng ưa ghét đã diệt trừ thì đối với tất cả các sắc, đều xem như bóng trong gương, đối với tất cả các tiếng, đều xem như luồng gió thổi qua, không có gì là chắc thật và cõng không có gì đáng để ý. Do tâm đối với cảnh không phát sinh ưa ghét và thường phóng xả như thế, nên sự chấp trước cũng giảm bớt đi, đi đến bị tiêu diệt hết. Tâm đã không chấp trước, thì thấy rõ mọi sự vật đều huyễn hóa, không thật có, chính khi sinh, không có gì đáng gọi là sinh, chính khi diệt, không có gì đáng gọi là diệt, do đó, phát khởi được trí vô ngã, diệt trì phân biệt ngã chấp và chứng được bậc sơ tâm của Duyên giác thừa. Từ đó, các vị sơ tâm dùng trí vô ngã gột rửa lần lần các thói quen mê lầm, diệt trừ hành ấm, diệt trừ cơ sở vô minh duyên sinh ra luân hồi và lên quả vô học.
Nói tóm lại, phép tu của Duyên giác thừa, cũng như của các vị Độc giác, đều dựa vào phép quán mọi sự, mọi vật đều do nhân duyên mà có sinh diệt, nhận rõ mọi sự, mọi vật do nhân duyên mà sinh, nên không thật có sinh, do nhân duyên mà diệt, nên không thật có diệt, mà chứng được đạo quả vô sinh diệt. Các vị tu theo Duyên giác thừa, còn quán các sự vật đều do duyên hợp thành và thường theo duyên mà chuyển biến. Các vị thường dùng tâm niệm của mình, chuyển đổi những sự vật này, hóa thành sự vật khác, để trực nhận một cách sâu sắc đạo lý duyên khởi như huyễn. Do lối tu như thế, nên các vị Độc giác và Duyên giác thường có nhiều thần thông và cũng hay dùng thần thông để hóa độ chúng sanh. Do các vị ấy, chứng được đạo lý duyên khởi như huyễn, nên phạm vi hóa độ chúng sanh cũng rộng hơn Thanh Văn thừa và chỗ giác ngộ cũng gần với Bồ tát thừa hơn. Vì thế, mà trong kinh có nơi gọi Duyên Giác thừa là Trung thừa, nghĩa là cái thừa ở giữa Tiểu thừa và Đại thừa, phát nguyện rộng lớn thì thường mau chóng chứng được những quả vị của Đại thừa.