Năm 29 tuổi, Thầy cùng một số tín nữ phát tâm cầu xuất gia nơi Hòa thượng Thích Đức Nhuận ở chùa Đồng Đắc, Ninh Bình. Hòa thượng từ chối tất cả với lý do Ngài chỉ độ bên Tăng. Năm lần bảy lượt cầu thỉnh đều không được. Ai nấy đành thôi. Riêng Thầy về lập đàn Dược Sư 49 ngày đêm. Mỗi ngày tụng 7 biến kinh Dược Sư, ngoài thời giờ chuyên niệm danh hiệu đức Dược Sư Lưu Ly Quang. Đến ngày thứ 43, bỗng nghe bên ngoài có tiếng gọi:"Cô nữ sinh nếu còn chí nguyện xuất gia xin đến Hòa thượng, Hòa thượng đã chấp thuận và cho gọi". Ở trong liêu, Thầy nói vọng ra:"Tôi đã lỡ phát nguyện lập đàn 49 ngày tụng kinh Dược Sư nay mới 43 ngày, xin Hòa thượng hoan hỷ cho tôi được trọn nguyện, đủ 49 ngày sẽ lên đảnh lễ Hòa thượng cầu xuất gia". 

Tạ đàn xong, Thầy lên đảnh lễ Hòa thượng. Ngài dạy rằng:"Cô có ba cái chướng, muốn xuất gia phải xuống tóc ngay. Nếu chậm trễ sẽ bị phá". Vì thế Thầy sang chùa Sư Bà Đàm Lựu sám hối 7 ngày rồi xuống tóc vào ngày mồng 4 tháng tư vía đức Văn Thù, tại chùa Thanh Xuân, làng Phùng Khoang, Hà Nội. Hòa thượng Ni Tịnh Uyển vâng lệnh Đại Tăng cho Thầy cạo đầu và thọ giới Sadini ngay. 

Nhân lúc rảnh rỗi, Thầy thưa hỏi lý do vì sao Hòa thượng chấp thuận cho Thầy làm đệ tử, thì được trong Chùa kể lại rằng:"Hôm ấy, Hòa thượng bỗng nhiên bị bệnh thượng thổ hạ tả kịch liệt ba ngày. Trong chùa vội thỉnh một ông Lang (thầy thuốc) gần đấy. Vì là Phật tử nên ông bỏ cả cửa hàng vào ở trong chùa luôn 3 ngày, lo bốc thuốc hầu Hòa thượng. Khi khỏi bệnh. Hòa thượng sắm một mâm lễ để tạ ơn Thầy thuốc. Ông Lang một mực từ chối. Hòa thượng năn nỉ. Ông thưa rằng:"Con đâu dám nhận phẩm vật của Hòa thượng. Được hầu Hòa thượng là đại phước cho con rồi. Nay Hòa thượng chí tình muốn ban ơn cho con một sự vui lòng. Vậy con xin một việc. Hôm đã lâu con lên chùa lễ Phật, vừa gặp một cô tới xin Hòa thượng xuất gia. Hòa thượng từ chối. Con thấy cô chảy nước mắt. Trong lòng con không an. Vậy nay con xin Hòa thượng ban cho con một ân huệ đặc biệt là cho cô được xuất gia". Hòa thượng nói:"Đây là ý bách thần muốn cho cô này được xuất gia. Tôi không dám trái. Vậy ông đi tìm xem cô ấy ở đâu". Thế rồi ông tìm được Thầy, nhờ thế Thầy mới được Hòa thượng độ. 

Đây là sự linh ứng rõ ràng đức Dược Sư đã mở đường xuất gia cho Thầy vào tu. Dùng thân tướng một ông Lang để làm nhân duyên phát khởi. Ông Lang tức là Thầy thuốc, chính nghĩa chữ Dược Sư. Vậy đại chúng nên tin chắc hễ cứ thành tâm tất có cảm ứng, đừng lo chư Phật ở đâu xa.